Szeroka nawa główna oddzielona jest od ciemnych naw bocznych osiemnastoma granitowymi kolumnami, które wieńczą korynckie kapitele. Absyda to istny cud artystyczny, ale też propagandowy manifest. W tęczy kościoła, na usianej biało-czerwonymi kwiatami łące, widnieją apostołowie maszerujący w równym szeregu ku siedzącemu na kuli ziemskiej Chrystusowi, któremu towarzyszy dwóch aniołów. Odziani w białe tuniki, niosą zwoje pisma i księgi. Natomiast w samej absydzie przedstawiona została tronująca, siedząca na czerwonej poduszce Maria z Dzieciątkiem na kolanach. Po obu stronach błogosławią ją prorocy – brodaty Mojżesz i młody Eliasz, ci, którzy zapowiedzieli przybycie Pana. Tron Madonny, tutaj jakby królowej, otaczają niezliczone zastępy modlących się archaniołów. I wreszcie wzrok patrzącego wędruje na głównego bohatera drugoplanowego, niemniej nader ważnego – papieża Paschalisa I (817–824), klęczącego u stóp Marii. Postawa, w jakiej dostojnik ten został przedstawiony, nie sugeruje nic z pobożności średniowiecznego donatora, który nie odważa się nawet podnieść oczu na któregoś z otaczających go świętych. Paschalis nie tylko nie wydaje się onieśmielony świętym towarzystwem, w którym się znalazł, ale na dodatek w ogóle nie zwraca uwagi na Marię (i Dzieciątko), która gestem ręki wskazuje przecież na niego. Bez lęku, skruchy i religijnej emfazy patrzy prosto na nas, jakby oczekując poklasku. Aż strach pomyśleć, co by się stało, gdyby powstał z kolan. Wtedy ten jeszcze żyjący, jeszcze nie święty, choć pretendujący do świętości (o czym świadczy jego kwadratowy nimb) człowiek stałby się równy archaniołom. Mało tego: Paschalis trzyma Madonnę za pantofel, nie całuje go jednak, lecz całkowicie się z Marią spoufala, jakby trzymał w ręce dowód swej pozycji.  Umieszczona poniżej inskrypcja informuje, że papież podniósł z ruiny pierwszą, istniejącą w tym miejscu świątynię, wyposażył ją w metalowe sprzęty (liturgiczne) i ozdobił tak wspaniale, że błyszczy niczym księżyc rozjaśniający noc. Ten królewski przybytek, jak dalej informuje napis, wybudował dla Marii biskup Paschalis, co dodatkowo dokumentuje monogram papieża umieszczony nad głową Madonny.

Papież Paschalis I był jednym z najznakomitszych fundatorów średniowiecznego Rzymu. Jego plastyczne przedstawienie pojawia się w Wiecznym Mieście kilka razy – w kościołach Santa Cecilia i Santa Prassede. Zawsze asystuje świętym w adoracji. Tu jednak wyszedł jakby poza szereg – nie stoi z boku, ale patrząc na nas, jasno wykłada swoje credo, jakby mówił: oto przed wami z Bożej łaski klęczy u stóp Marii papież – namiestnik Chrystusa na ziemi, pan i władca nad duszami i losami ludzi. Czyż nie jemu przynależne jest towarzystwo archaniołów i protekcja Matki Bożej? Sposób przedstawienia Paschalisa w kościele Santa Maria in Domnica całkowicie współgra z informacjami, jakie mamy na jego temat. Na ścianach obiektów, które ufundował, nakreślił spójny program swego pontyfikatu, koncentrujący się na ustanowieniu prymatu Rzymu pośród innych biskupstw dawnego imperium, a tym samym zagwarantowaniu sobie pozycji równorzędnej rezydującemu w dalekim Konstantynopolu cesarzowi.

Statyczny, hierarchiczny sposób ukazywania postaci na mozaikach wskazuje na mistrzów greckich, którzy przybyli do miasta w epoce szerzącego się w imperium wschodniorzymskim ikonoklazmu. Rzemieślnicy ci byli jakby darem zesłanym Paschalisowi z nieba. Z ich pomocą mógł na niwie sztuki dorównać cesarzowi bizantyńskiemu. Ponoć wysoko cenił też dworskie, wyszukane i ceremonialne bizantyńskie zwyczaje i zbytek.

Wróćmy jednak do miejsca, w którym się znajdujemy, gdyż jego początki są znacznie odleglejsze. W III wieku n.e. istniały tu koszary V kohorty straży pożarnej. W VII wieku na ich ruinach powstało oratorium, ufundowane przez papieża Leona III. Za papieża Paschalisa I, około 820 roku, zostało ono rozbudowane i upiększone. Stanęła wtedy trzynawowa świątynia, zakończona absydą udekorowaną wspomnianymi mozaikami. Renowacja i modernizacja kościoła nastąpiła w XVI wieku przy wsparciu rodu Medici. Papież Leon X jeszcze jako kardynał Giovanni de Medici odnowił w 1513 roku popadającą w ruinę świątynię, gruntownie ją przebudowując w nowym, renesansowym stylu. Na szczęście nie naruszono absydy, pozostawiając ją w jej dziewiczym stanie. Również fasada, choć odświętnie ustrojona w pilastry i marmury, nie zatraciła swej pierwotnej, romańskiej struktury, z trójkątnym szczytem i wysuniętym do przodu portykiem kolumnowym, pomimo że Andrea Sansovino nadał jej nowy wygląd.  Kolejny z Medyceuszy – Ferdinando de Medici zaopatrzył kościół w nowy, drewniany, kasetonowy strop ozdobiony herbami rodu. Natomiast znajdujące się poniżej mozaiki absydowej barokowe freski wykonał w XVII wieku znany, choć niewybitny malarz Lazzaro Baldi. Odnoszą się one do obowiązku pomocy biednym i potrzebującym i ukazują czyny wczesnochrześcijańskich świętych – Wawrzyńca i Cyriaka. Malowidła nawiązują tym samym do kościoła jako gminy, która w swym pierwotnym założeniu skupiała się właśnie na pomocy wdowom, sierotom i biednym oraz na wspieraniu pielgrzymów przybywających do Rzymu.

Znajdujące się w nazwie kościoła „in Domnica” odnosi się do antycznego określenia dominicum, oznaczającego miejsce kultu, a właściwie dom Boga; „Navicella” – w drugiej, używanej wobec tego przybytku nazwie (Santa Maria alla Navicella) – do marmurowej rzeźby, która znajduje się przed kościołem i jest kopią antycznej łodzi wotywnej przeznaczonej dla bogini Izydy, której szczątki znaleziono nieopodal.